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灵芝有上百种。古代典籍常将灵芝分为青、赤、黄、白、黑、紫等六类，其是以外观形态和颜色特征为主、性味与功效为辅，作为分类的依据，然而这样的分类方式并不明确，很容易造成科学研究时原料采用的混淆。
在东西方科学家的共同努力下，科学界已明确定义出“何谓灵芝？”并且建立了灵芝的分类依据。在现今科学家最常采用Alexopolous（1996年）的分类系统里，灵芝属于：
真菌界（Myceteae）：真菌是一群不同于植物和动物、具有细胞结构（细胞核+细胞壁+细胞质）的生物，其共同特征包括:1.它不能像植物一般，靠光合作用自行制造养分，而必须分解动物残体或腐朽植物作为生长来源。2.经常形成菌丝体。
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